El Servicio de Impuestos Internos (SII) ordenó la destitución de Elena Amaya, exjefa de gabinete del entonces director del organismo Fernando Barraza, tras acreditarse su responsabilidad en un «perdonazo» tributario irregular por $22.743 millones a favor de la sociedad Inversiones Holding Limitada, propiedad de la familia Fernández León, accionistas de empresas como Entel, Consorcio y Pucobre.
La resolución del 15 de octubre de 2025, emitida por el subdirector de la Contraloría Interna del SII, Álvaro Del Barrio, determinó que Amaya «vulneró gravemente el principio de probidad administrativa» al intervenir indebidamente en perjuicio del interés fiscal, utilizando su posición dentro del organismo .
De acuerdo con el expediente de la investigación al cual tuvo acceso reportea, a Amaya se le acusó por “haber intervenido indebidamente, en perjuicio del interés fiscal, utilizando su posición dentro de la orgánica del SII, actuando de forma coordinada con el resto de los miembros del Gabinete del Director, Señor Gabriel Muñoz y Señora Daniela Chandía, ejerciendo una presión impropia en las personas encargadas de tomar decisiones de interés institucional”.
La funcionaria, que cuenta con 31 años de servicio en la institución, ya presentó una apelación que deberá ser resuelta en las próximas semanas .
“Perdonazo” irregular por $22.700 millones
El caso salió a la luz en marzo de 2024 de manera fortuita, cuando un equipo auditor revisaba anulaciones de cobros de impuestos superiores a $100 millones realizadas entre 2018 y 2023 en la región de Valparaíso.
Durante ese proceso, a los auditores les llamó la atención una anulación tributaria que benefició a la empresa Inversiones Holding Limitada por un monto de $22.743 millones y además detectaron dos anomalía.
En primer lugar pudieron determinar que la anulación del cobro se produjo el mismo día en que los representantes de la empresa se desistieron de un reclamo presentado ante el Tribunal Tributario y Aduanero. «En pocas horas, renunciaron a la vía judicial y el SII les entregó una victoria por la vía administrativa», consigno el medio citado.
Asimismo, constataron que no existía carpeta alguna con antecedentes que respaldaran las razones del beneficio tributario. Cuando los auditores consultaron por esta ausencia al funcionario a cargo, José Ignacio Prado, su respuesta fue contundente: la decisión le había sido ordenada directamente por Elena Amaya, sin antecedentes que sustentaran el «perdonazo» .
La gravedad de los hallazgos llevó a que, apenas un día después de recibido el informe, el 28 de marzo de 2024, la Contraloría Interna del SII instruyera la apertura de un sumario para determinar responsabilidades .
Testimonios clave
El sumario recogió testimonios de funcionarios clave que confirmaron cómo se ejerció presión indebida desde el nivel central del SII hacia las autoridades regionales, quienes por ley tienen la facultad exclusiva para resolver este tipo de materias .
«En noviembre de 2021 recibí un llamado de la jefa de gabinete del Director Nacional, Elena Amaya, quien me consulta cómo se puede volver a revisar la situación del contribuyente, y me señaló que no estaba de acuerdo con lo decidido», declaró José Ignacio Prado, jefe del Departamento de Procedimientos Administrativos Tributarios del SII.
Asimismo, señaló que Amaya le manifestó que «podíamos quedar mal en el Tribunal Tributario y Aduanero» .
«Le señalé lo que se había resuelto en el comité y la validación por parte de este», indicó al referirse a la decisión de cobrar los $22,7 mil millones, la cual estaba respaldada por dos instancias oficiales del SII: primero por un comité regional en el que participaron las autoridades relevantes del organismo en Valparaíso, y luego por el Comité de Casos de Interés Institucional, instancia que reúne a todas las jefaturas nacionales de Impuestos Internos.
Según Reportea, la «conclusión de esos comités fue que la decisión del cobro de impuestos era la correcta».
“Ella me comentó de que había tenido una audiencia con los representantes de la contribuyente. Le puse en conocimiento de esta situación al Director Regional (de Valparaíso), don Sergio Flores, luego ella tuvo una conversación con el Director Regional en el mismo tenor. Posteriormente Elena Amaya volvió a llamar y me señaló que Patricio Soto iba a validar los números para saber si existía fundamento, agregó Prado,.
Flores, corroboró esta versión y recordó que «Ignacio vino a señalarme que lo habían llamado del gabinete del director […] que estimaban en el gabinete que la tesis del incremento del patrimonio no tenía asidero».
Relató además una conversación telefónica con Amaya donde ella le habría dicho: «Me dijo que era un error-horror, que cómo se había determinado este incremento patrimonial […] que había que buscar una salida, que en gabinete analizarían el caso con los antecedentes que aportarían los asesores y que se contactarían con José Ignacio para ello, que la alternativa sería a través de una RAF” .
De acuerdo con los antecedentes, El 6 de diciembre de 2021 la empresa Inversiones Holding, de la familia Fernández León presentó la RAF y esta fue rápidamente aprobada por el SII, por lo que el cobro por el monto de $22,7 mil millones ya no existía.
Por su parte, Paula Díaz, jefa de gabinete de la Dirección Regional de Valparaíso, destacó que «este caso siempre lo analizamos con Ignacio, don Sergio Flores y Patricia Salazar, jefa de fiscalización, toda vez que Elena estaba presionando para sacarlo de una forma distinta a lo que hicimos»,
«Estábamos disconformes con el cambio de criterio, porque para eso lo vimos en el Comité de Casos de Interés Institucional», subrayó.
Sanción a otros funcionarios
La investigación interna del SII determinó responsabilidades de otros tres funcionarios en la anulación irregular del pago de impuestos: Daniela Chandía y Gabriel Muñoz, profesionales del gabinete de Fernando Barraza, recibieron una multa del 20% de su remuneración
Mientras que José Ignacio Prado Jefe del Departamento de Procedimientos Administrativos Tributarios fue sancionado con una multa del 10% de su sueldo
Según el sumario, a Prado se le aplicó la sanción menor por «haber accedido a las presiones de Amaya» .
Beneficio para holding de la familia Fernández León
Inversiones Holding Limitada, la empresa beneficiada por el «perdonazo», no es cualquier contribuyente. Se trata de la matriz que utiliza la familia de Eduardo Fernández León para organizar sus inversiones en el extranjero .
Este grupo es uno de los conglomerados económicos más influyentes de Chile, dueño de la inmobiliaria FFV y accionista importante de empresas como Entel, Consorcio y Pucobre. Son además propietarios del condominio Brisas de Santo Domingo y del Parque Tricao .
Un análisis del diario La Segunda situó a Eduardo Fernández León entre los billonarios chilenos que no aparecen en el ranking de Forbes. A sus 86 años, es conocido por su pertenencia al Opus Dei y por ser el principal donante de la Universidad de Los Andes .
Vínculo con la Universidad de Los Andes
Un antecedente que podría adquirir relevancia durante la apelación presentada por Elena Amaya es su vínculo laboral con la Universidad de Los Andes .
En paralelo a sus funciones en el SII, Amaya ejerce como docente en el Magíster de Planificación y Gestión Tributaria de la Universidad de Los Andes, la misma casa de estudios que tiene como principal donante a la familia de Eduardo Fernández León .
Sanciones previas por «perdonazos»
El artículo escrito por el periodista Nicolás Sepúlveda para Reportea, dejó al descubierto que esta no es la primera vez que Elena Amaya enfrenta sanciones por su participación en «perdonazos» polémicos.
En 2013 fue desvinculada del SII cuando se desempeñaba como jefa del departamento jurídico de la Dirección de Grandes Contribuyentes, luego de haber participado en el «perdonazo» a Johnson’s, caso que involucró la condonación de $59 mil millones en multas e intereses .
En esa oportunidad, según consta en medios de la época, Amaya fue uno de los funcionarios que entregó información que complicaba a los altos mandos de la institución en la investigación del caso Johnson’s .
Sin embargo, Amaya solo permaneció algunos meses fuera del SII. Con el cambio de gobierno, en marzo de 2014, fue recontratada como jefa de gabinete de Michel Jorratt, manteniéndose en el cargo durante todo el periodo de Fernando Barraza .
Versión de la defensa y contradicciones
En sus declaraciones ante el sumario, Elena Amaya negó haber ordenado anular el cobro de impuestos a Inversiones Holding y descartó haber tenido contacto con los representantes de la empresa del grupo Fernández León.
Su defensa argumentó que la familia Fernández León también estaba siendo auditada por la Dirección de Grandes Contribuyentes del SII, y que ella solo estaba realizando una «coordinación técnica» entre esa unidad y los funcionarios de Valparaíso .
Amaya sostuvo que la anulación del cobro procedía porque era lo jurídicamente correcto, argumentando que el cobro estaba prescrito y que el rechazo del pasivo por falta de acreditación «no tenía ninguna justificación adicional» .
Sin embargo, el sumario consideró que estas explicaciones contradecían los testimonios unánimes del resto de los funcionarios que declararon en el proceso, estableciendo que: «Toda actuación o intervención, como lo es la denominada ‘coordinación técnica’ que se ha atribuido el Gabinete del Director en este caso, a la luz de los procedimientos e instrucciones institucionales, más bien parecen ‘actuaciones de facto’ que alteran el correcto proceder definido por el Servicio» .
Próximos pasos y repercusiones en el SII
El caso ahora entra en una fase crucial con la revisión de la apelación presentada por Elena Amaya. Según el reglamento, quien debería ver ese recurso es la actual directora subrogante del SII, Carolina Saravia, aunque fuentes del servicio indicaron que podría inhabilitarse por haber participado del Comité de Casos de Interés Institucional que revisó la situación de Inversiones Holding y apoyó el actuar de la dirección del SII en Valparaíso .
De acuerdo con Reportea, los hallazgos del sumario han provocado un «remezón grado siete» en las oficinas de Impuestos Internos, no solo por la trayectoria de Elena Amaya como funcionaria histórica con importantes grados de poder, sino también porque Fernando Barraza, quien dirigía el organismo cuando se ejecutó el «perdonazo», desde mayo pasado forma parte del Consejo Tributario del SII, con un rol asesor en materias relevantes del servicio .
Consultado por el medio digital sobre este caso, el organismo respondió por escrito que «dado que se trata de un sumario en curso, como Servicio no podemos referirnos a sus conclusiones preliminares. Sí podemos señalar que este sumario surge de los propios mecanismos de control con que cuenta nuestra institución y que nuestro compromiso es investigar cualquier hecho que pueda vulnerar nuestros valores institucionales y la intachable conducta a la estamos obligados como organismo fiscalizador» .
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