La industria salmonera en Magallanes acumula un extenso registro de episodios de contaminación, daños ecológicos y controversias legales, según datos oficiales y reportes de organizaciones ambientales.

Organizaciones ambientales alertan que Proyecto de Ley de Permisos Sectoriales debilita protección ambiental, favoreciendo a industrias extractivas mineras, forestales y salmoneras. Denuncian "motosierra ambiental" del Ejecutivo, que prioriza inversiones sin regulación, poniendo en riesgo ecosistemas y comunidades. Asimismo, se exige freno a la desregulación que beneficia a transnacionales.

Representantes indígenas y organizaciones ambientales denunciaron que certificadoras internacionales legitiman daños ecológicos y violaciones de derechos indígenas en la Patagonia chilena por parte de las salmoneras. Exigen auditorías independientes, participación efectiva y reformas en sistemas de certificación para proteger ecosistemas marinos y comunidades costeras.

Comunidades del Archipiélago de Las Guaitecas, denuncian la reactivación irregular de concesiones salmoneras caducas sin evaluar los impactos ambientales y económicos. El lonko Daniel Caniullán advierte sobre la complicidad del Estado y las consecuencias devastadoras en la pesca artesanal y los ecosistemas marinos en Aysén.

Investigación publicada recientemente en el diario El País de España, revela que calentamiento global y salmonicultura amenazan bosques de algas gigantes en la Patagonia chilena, siendo urgente acciones para su conservación.

Pescadores artesanales acusan al Gobierno de facilitar la reactivación de concesiones de AquaChile en áreas marinas que se han logrado recuperar tras el desastre ambiental del virus ISA en 2008.

Este caso tiene como origen dos denuncias en 2021. La primera denuncia -ciudadana- está vinculada a la mortalidad de peces en la Región de Los Ríos. Y la segunda, que fue ingresada por Sernapesca, también vinculada a la mortalidad de peces y a un análisis de posibles incumplimientos a la normativa sectorial por parte de la piscicultura.

La UICN y la Comisión para la Supervivencia de las Especies alertan sobre el crítico estado del huillín y el chungungo en Chile, nutrias amenazadas por la acuicultura y especies invasoras. Tras más de un año de una carta urgente a autoridades chilenas, aún no hay respuestas concretas.

En 2024, la campaña Áreas Protegidas sin Salmoneras destacó lo bueno, lo malo y lo feo sobre la industria acuícola en áreas protegidas, denunciando impactos en Patagonia, muertes de ballenas y la persistencia de salmoneras pese a promesas gubernamentales incumplidas.

La investigación de abogado y Magister en Derecho Ambiental , revela cómo la industria salmonera opera en áreas protegidas de Aysén, contraviniendo normativas ambientales clave. Impactos ecosistémicos, conflictos legales y denuncias sobre daños irreparables cuestionan la compatibilidad de estas actividades con principios de preservación y sostenibilidad exigidos por la ley chilena.