Die wissenschaftlichen Erkenntnisse belegen, dass die Entsalzung Auswirkungen hat, die nicht ignoriert werden können. Die Entnahme von Meerwasser kann mikroskopische Organismen, Eier und Larven beeinträchtigen, die die Grundlage der marinen Nahrungsnetze bilden. Zudem kann die Einleitung von Sole, dem hyper-salinen Abfallprodukt des Verfahrens, die physikalischen und chemischen Bedingungen empfindlicher Küstenechosysteme verändern, insbesondere wenn die Projekte in Buchten mit geringer Wasserzirkulation angesiedelt sind.